这十六个市，分别为昆明市、曲靖市、玉溪市、保山市、昭通市、丽江市、普洱市、临沧市、文山市、红河市、西双版纳市、楚雄市、大理市、德宏市、怒江市、迪庆市。
市级行政区下设县一级行政单位，而县一级行政单位之下，有设置乡镇一级政府行政机构。
行政机构如此细化，便于地方分权，也便于中央集权。
中央所设立之十六司，除掌核本省钱粮外，亦兼管其他衙门的部分庶务，职责多有交叉。隶於户部的机构有：掌铸钱的钱法堂及宝泉局；掌库藏的户部三库；掌仓储及漕务的仓场衙门。
「礼部」：礼部掌典礼事务与学校、科举之事。考吉、嘉、军、宾、凶五礼之用；管理全国学校事务及科举考试及藩属和外国之往来事。
礼部下设四司：仪制清吏司，掌嘉礼、军礼及管理学务、科举考试事；祠祭清吏司，掌吉礼、凶礼事务；主客清吏司，掌宾礼及接待外宾事务；精膳清吏司，掌筵飨廪饩牲牢事务。
「兵部」：职掌全国军卫、武官选授、简练之政令。
兵部下设四司：武吏司，考核武职官员的品级与选补、升调、承袭、封赠诸事，并管理土司；车驾司，掌全国马政及驿传等事；军功司，掌武职官员的叙功、核过、抚恤、军旅之简阅、考察、巡防等事；军库司，掌全国之兵籍、军器并武科考试之事。
「刑部」刑部为主管全国刑罚政令及审核刑名的机构。
「工部」工部为管理全国工程事务的机关。职掌土木兴建之制，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寝供亿之典。凡全国之土木、水利工程，机器制造工程，矿冶、纺织等官办工业无不综理，并主管一部分金融货币和统一度量衡。
陆逸的改革，将机构细致化却也不走冗官冗员的老路子，主要是责任到人，精明干练，官吏的选拔和监督也很细致，而官吏的赏罚更加的严苛，奉行的是高薪养廉之策略。这也避免了人浮于事的现象了。还能调动官员的积极性。
可以说，陆逸的吏治改革，虽然留有明清的影子，却更像是现代社会的国家政府机制了。
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